明智小五郎的活跃是在黑客和网络安全的高科技犯罪的近未来。助手是对天才程序员小林少年AI的「玛丽亚」。来自大富豪·岩濑庄兵卫的委托是被诱拐预告了的女儿·早苗的身边警卫。阻挡明智的是用巧妙的伪造和替换高价宝石的手法而受到好评的神秘怪盗黑蜥蜴。护住早苗自报姓名的宾馆所有者·绿川夫人识破黑蜥蜴，防止诱拐,不过，被宾馆全体被装置了的诡计挡住，逃跑了黑蜥蜴。可是那个时候，怪盗和名侦探却暗恋了。明智一边被「人间椅子」的诡计夺走早苗，一边潜入黑蜥蜴逃跑的潜水艇，一边追逼。在终于黑蜥蜴的收藏被收集了的观赏者不在的美术馆对峙的二人。并且，明智发现黑蜥蜴的悲哀的原形。谜团唤来谜团，在禁断之恋中摇摆不定，怪盗与名侦探展开最后的对决。胜者究竟是谁呢？